Określamy go jako okres dalszego ilościowego, organizacyjnego i dynamicznego rozwoju oraz ukształtowania się formacji. W okresie tym sformowano od podstaw w oparciu o własne, dotychczasowe zasoby kilka oddziałów, m. innymi 3 Pułk Inżynieryjno - Budowlany, 4 Pułk Bieszczadzki, 103 Pułk Lotnictwa Transportowego, 7 Samodzielny Batalion Inżynieryjny, Oddział Zabezpieczenia Obiektów Specjalnych, Batalion Zaopatrzenia i Obsługi, Szkoła Podoficerów i Młodszych Specjalistów oraz Ośrodek Szkolenia Poligonowego NJW. W stosunkowo krótkim czasie uzyskały one wymaganą gotowość bojową oraz wymagany stopień realizacji powierzonych zadań.

Treścią tego etapu jest doskonalenie jakościowe struktur organizacyjnych, wielopłaszczyznowych zadań wynikających z szybkiego rozwoju formacji. NJW stanowią integralną część resortu spraw wewnętrznych, stanowiąc w resorcie określony organizm wojskowy dowodzony na ogólnych zasadach obowiązujących w siłach zbrojnych

W okresie transformacji ustrojowej szukano pomysłu na działanie struktury wojskowej w cywilnym resorcie spraw wewnętrznych.
Znacznie powiększono stan osobowy oraz infrastrukturę NJW, bowiem na podstawie decyzji Prezydenta RP z dnia 4 listopada 1991 roku zadanie pn. „Zabezpieczenie funkcjonowania Naczelnych Organów Władzy i Administracji Publicznej” przeniesiono z MON do MSW wraz z pięcioma jednostkami oraz strukturą sztabową z Dowództwa Wojsk Obrony Wewnętrznej – Oddziałem Zabezpieczenia Stanowisk Kierowania.
Po reorganizacji i wcieleniu jednostek z rozwiązanych Wojsk Obrony Wewnętrznej w styczniu 1992 roku skład NJW MSW uzupełniono o: 1 Mazowiecki Pułk Ochrony, 14 Mazurski Pułk Ochrony, 20 Brygada Łączności Ziemi Kieleckiej, 2 batalion zabezpieczenia, Oddział Zabezpieczenia Stanowisk Kierowania WOW, 112 Batalion Zabezpieczenia.
W 1992 roku rozpoczęto realizację procesu doskonalenia organizacyjnego, szkolenia bojowego, zabezpieczenia materiałowego oraz zapewnienia wszechstronnego współdziałania struktur NJW ze strukturami MON oraz władzy państwowej i samorządowej w celu osiągnięcia wysokiego poziomu zapewnienia bezpieczeństwa i sprawnego kierowania obroną RP w czasie wojny.
Dokonano zakupów nowoczesnego sprzętu łączności, sprzętu do akcji pirotechnicznych, środków transportu (samochodów i śmigłowców), broni strzeleckiej i innych.
Podjęto próbę zmiany nazwy NJW na „Wojska Zabezpieczenia Stanowisk Kierowania Naczelnych Organów Władzy i Administracji Państwowej” z jednoczesnym przeniesieniem całej struktury NJW do MON – niestety nieudaną, ówczesne kierownictwo MON nie było zainteresowane.
Wdrażano i doskonalono nowe zadania, w tym kompleksową ochronę obiektów placówek dyplomatycznych państw obcych, likwidacji klęsk żywiołowych, zapewnienie bezpieczeństwa w strefie przygranicznej i w aglomeracjach miejskich. Testowano pomysł uczynienia z NJW Gwardii Narodowej i Żandarmerii Narodowej. Pomysł był wzorowany na podobnych formacjach w Europie i USA.
Ostatecznie likwidacja NJW została przesądzona zapisem art. 134, ust.2 Konstytucji RP z dnia 2 kwietnia 1997 roku, który określa rolę Prezydenta RP, jako najwyższego zwierzchnika Sił Zbrojnych sprawowaną poprzez Ministra Obrony Narodowej. Według Ustawy o działach administracji państwowej polscy żołnierze mogą pozostawać tylko w strukturach Ministerstwa Obrony Narodowej.

Jest to okres likwidacji formacji. W 1999 roku prawie 3 tysiące żołnierzy składających się na 1 Brygadę Zmotoryzowaną przejęło Biuro Ochrony Rządu. BOR oprócz żołnierzy dostał też obowiązki NJW – ochronę ambasad i ważnych obiektów. Pozostałe jednostki formacji były sukcesywnie rozformowywane do 2001 r. Pozostali żołnierze zawodowi musieli szukać pracy w policji, straży granicznej lub nawet straży pożarnej. Dotyczyło to prawie pół tysiąca zawodowych wojskowych i 200 pracowników cywilnych.
Jedynie z majątkiem należącym do NJW nie było większych problemów. W Ministerstwie Spraw Wewnętrznych i Administracji postanowiono, że sprzęt zostanie rozparcelowany między wojsko, policję i straż graniczną. Tak stało się m. innymi ze śmigłowcami 103 pułku lotnictwa i środkami transportowymi, których w NJW MSWiA było zarejestrowanych ponad 3.000 szt. Budynki i nieruchomości jednostek przejął MON, Ministerstwo Sprawiedliwości lub pozostały w gestii MSWiA. Tereny, które zajmowały NJW w całym kraju, zostały przekazane starostwom powiatów.